Dalle fonti storiche si apprende che la probabile fondazione della Certosa avvenne nel 1173, a seguito di una donazione di alcune terre nella zona di Ardua dalla popolazione di Chiusa e dei Signori di Morozzo. Il lascito fu affidato al priore Ulderico dell'Ordine dei Certosini, originario di Casale Monferrato e già confratello della Certosa Madre di Grenoble, che si adoperò per l'edificazione di una chiesa dedicata alla Vergine Maria e a San Giovanni Battista (in onorem Dei Sanctaeque Virginis Mariae et Sancti Joannis Babtistae). Lo stesso Ulderico fu priore della certosa di Pesio dalla sua fondazione al 1199.
Dal 1934, con l'entrata dei Padri Missionari della Consolata di Torino, la Certosa fu interessata da una nuova fase di rilancio della struttura religiosa con interventi mirati di restauro e conservazione. Ancora oggi i padri gestiscono il sito di Pesio.
